バンクーバー→シアトルへの往復方法には、バス、又は電車（アムトラック）が公共機関としてはあります。

片道２５０ｋｍ程ありますので、日帰りで行かれるよりは、シアトルにて宿泊などされる事も考えられて公共機関で行かれる方法は一つのアイデアかと思います。

下記リンクは日本語にて電車を使った場合について書かれているものですので、
参考になるかと思います。
https://www.viarail.me/vancouver-to-seattle/

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レンタカーについては、借りられるタイミングとサイズによって価格が動きますので、
Expedia等を使って、レートの良い会社とサイズが出て来ますので、そのあたりからレンタカー会社を選択されると良いと思います。

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宿泊先については、価格を気にされなければホテルのサーチエンジンを使われる事をお勧めします。今のカナダは、地方での宿泊でも税金前で１泊当たり＄２００前後というとおろが多々あります。
私は出張にて宿泊先を探す際には、下記を使っています。
hotel.com

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色々なアドバイスが既にあるかと思いますが、
一つのアイデアにてお知らせさせて頂きます。

私は以前オカナガン地方のケローナ市に住んでいた事がありました。
当時は、週末に家内とワイナリー巡りをしながら楽しんだのを思い出します。
バンクーバーに引っ越して来ましてからは、なかなか外での食事の機会が薄れてしまい、
コロナもあって家のみをしているところへ、今は外食をしますと、チップが最低でも１５％～というような状況、インフレもあって外食自体も１０～２０％（場所によっては）程価格も上昇しているケースが多く、より外食の機会が減ってきていますので、経験談ではお話しが出来ないのですが、自分が外食をする際にチョット行ってみたいな～と以前に調べたウェブサイトをご紹介致します。

Star Wine Listというサイトになります。
https://starwinelist.com/wine-guide/great-wine-restaurants-and-wine-bars-in-vancouver

何かヒントに繋がれば幸いです。

子供さん（１１歳）の為と考えてのアイデアですが、仰られているScience Worldも良いと思いますが、屋内主体ですので、雨が降った場合のバックアップ・プランとしても宜しいかもしれないですね。

＜キャピラノ吊り橋＞
もし、高所恐怖症など無ければ、North Vancouver市にありますCapilano吊り橋へ行かれるのもアイデアかと考えます。
ダウンタウンからFREEのシャトルバスも出ています。
下記URLはシャトルバスについてです。
https://www.capbridge.com/shuttle-schedule/

＜スタンレーパーク／レンタル自転車＞
スタンレーパークをレンタル自転車で回るというアイデアもありますが、外周距離で考えますと約１３ｋｍ、外周途中から内側に入って戻る事も出来るかと思いますが、先ずは自転車にご興味を頂けるか次第での判断になるかもしれませんね。

＜スタンレーパーク　/　水族館＞
スタンレーパーク内に水族館もありますが、こちらも屋内ですので、雨の際のバックアップ・プランで行けると思いますが、個人的には日本の水族館の凄さをみてしまうと、物足りなさがでてしまうかもしれません。それでも、我が家の子供達が小さな時は、１年間パスを購入しまして、雨の多い冬の時期はよく連れて行きました。

１日観光との事ですと、あまり遠出はされない方が良いと思います。
やはり移動時間だけで疲れてしまうと思います。