旅は計画中ワクワクドキドキで楽しいですね。私も旅行好きで行ったことのない場所へ行く前は、緊張と期待で心が揺さぶられます。
ご質問の件ですが、グァナファトはここ数年治安が悪くなってきているので外した方が良いと思います。
地方に移動したくない場合はメキシコ市のソカロ（カテドラル）の在る所で大きなイベントが有ります。此処だと一人旅でソカロの近くの安ホテルを取れば良いと思います。シーズン中なので予約は取った方が良いと思います。ホテルはメキシコの日本人旅行代理店にたのべば無難です。
ミカドトラベル(https://mikado-travel.com/) やビアヘス東洋（スペイン語ですが下の方にメールでの問い合わせ欄があります。https://viajestoyomex.com/inicio.htm）HIS（世界中に支店が有ります）(https://his-latam.com/)
は日本人スタッフがいますので、メールで問い合わせては如何でしょうか。

下記にメキシコの御勧め１０都市のメキシコのサイトを貼り付けましたので、グーグル翻訳を使って参考にして下さい。
https://theguidecdmx.com/ciudades-en-mexico-para-celebrar-el-dia-de-muertos/
お役に立てば何よりです。

御質問の件について回答します。

①水道水がそのままでは飲めないから：場所によってまちまちですが、基本飲料水としては不適切な場所が多いです。特にカルシウムが多く含まれていますので、長期にわたっては飲料水としては適切ではありません。人によっては煮沸後使用される方もいます。

②土壌がよくない場所で作られているから、の二つを見ました。：この意見は少し大袈裟だと思います。スーパーではアメリカから輸入された野菜も多くあります。

調理は全て飲める水で行って、野菜なども飲める水で洗う、という感じなのでしょうか？
私は、洗うのは水道水で洗います。米も水道水を使ってとぎますが、炊くための水は市販のミネラルウォーターを使います。

野菜を消毒というのは水でなく、やはり野菜自体が危ないと言う事？
そのようは話はあまり聞かないですね。
但し、屋台などの野菜は良く洗っていない場合があるのと、特に雨季の場合は注意が必要です。

オーガニック野菜などは手軽に手に入るのでしょうか。
手軽には入手できないと思います。
何れにしましても、何処からの情報かは分かりませんが、大袈裟ではないかと思います。

以上

初めまして。旅行は計画中が一番楽しいともいわれますが、心配ごともありますよね。
時期的に１０月は雨期と共に台風の季節なので避けられるのをお勧めします。
一月が気候は安定しています。６月は少し暑いかもです。
私なら一月にします。

1の回答ですが、パスポート更新は永住権とは関係ないです。
2の回答ですが、本帰国してもメキシコの住所はそのままにしておかないと永住権が失効します。
3の回答ですが、返却すると失効します。何年後かにもどるので有れば、そのまま保有して問題ありません。
但し、2の質問にも関連しますが、3年間でメキシコ滞在日数が120日以上無ければ永住資格が失効します。
維持費は発生しません。

wise という銀行送金を利用すれば手数料も通常の銀行送金より安く又、１時間以内に送金が完了します。
ネットで検索すれば登録方法など分かります。
私はこの方法で送金をしております。

こちらのサイトで利用方法を説明しています。
https://toriaezu-tabi.com/transferwise-howto-japan/

週間として、朝食（宿泊料に含まれている場合も）やチェックイン時を荷物の部屋まで運んでくれる場合大体２０ペソ（一ドル弱）を払うのが習慣です。ベットメークも同じ位のチップを置いておきます。

遅くなりましたが、回答させて頂きます。
▷雨季のピンクラグーン
雨季だと水が抜かれてそのものがない、雨で濁ることがあるという情報をインターネットで目にしたのですがやはり5月下旬ですと観光本にあるような参考写真ほど綺麗なものは見られないでしょうか？
これについては、常時ピンクな状態ではないので、雨季と関係なくリスクは有りそうです。カンクーンと場所もシティーから遠いのでお勧め出来ません。

▷遺跡巡り
最低でもテオティワカン、チチェン・イッツァ、ウシュマル、ミトラの4個所は訪れたいのですがこれらすべてを回るとすると余裕を持って何日ほど必要でしょうか？欲を言えばパレンケも、もっと欲を言えばボナンパックとヤシュチランも行きたいです。
テオティワカンはシティーから半日で回れますが（片道1時間半）チェチェンイッツァ・ウシュマル・パレンケはユカタン半島ですが距離は離れています。これ等を廻るのに４日は必要です。ボナンパックとヤシュチランはグァテマラ国境付近になりますので、これ等を全部回るのであれば８日間は必要でしょう。
ミトラはオアハカ州の遺跡なので又はなれいます。規模も小さいので本当に時間が有れば行かれたら良いと思います。

▷フリーダ・カーロ
フリーダ・カーロの作品を見てみたいと考えているのですが、作品が展示されているおすすめの場所を教えていただきたいです。今のところ、個人調べによる候補はドローレスオルメドパティニョ美術館とフリーダ・カーロ博物館です。
ドローレスオルメドパティニョ美術館で彼女の作品とディエゴの作品両方が見られます。時間に余裕が有ればフリーダ・カーロ博物館もこじんまりしていますので行かれたら良いでしょう。

▷ソチミルコ
遊覧船に乗ることを踏まえて、ゆっくり見て回るとなると半日ほどは必要でしょうか？
半日あれば十分です。

▷メキシコグルメ
ペヘラガルト・アサードと呼ばれるガーの丸焼きがとてつもなく気になるのですが、タバスコ州でないと食べられないでしょうか。
う～ん、タバスコ料理を出しているレストランがネットで探せれば。。私は知らなかったです。

▷写真撮影に関して
キャラクターのアクリルスタンドを用いた撮影を考えております。日本ではヲタク文化として浸透しているアクリルスタンド撮影ですが、メキシコではあまりやらないほうがいいでしょうか？(観光客として目立つから治安的に、という心配です)
加えてぬいぐるみマスコットやドール(球体人形)の持ち歩きについても同様に治安面や悪目立ちするという心配があればご指摘いただきたく思います。
目立つ撮影は控えた方が良いでしょう。

▷ティアンギス
是非見に行きたいと考えているもののひとつなのですが、やはり行くならばオアハカでしょうか？
ティアンギスはシティーでも見れます。

長くなりましたが、一つでも情報がいただけると大変ありがたいです。よろしくお願いいたします。
お役に立てれば幸いです。

初めまして、森島と申します。コメントを拝見しまして、質問が有ります。
最初の商品は、メルカリで出て来ません。２番目の商品はエンブレムですね。メルカリではToyotaとありますが、日産のピックアップになります。
作業の手順としましては、メルカリで購入の後、日本へ発送する方法はFedex等を使うのが最速ですが、料金が高くなると思います。然しながら、メキシコの郵便会社では時間がかかる事や通関作業にトラブルが発生する可能性が有りますので、私の場合は取り扱いません。
メルカリの価格は分かりますが、FedexやUPSの送料は、ネットでは調べられないので、実際に発送店へ出向いて質問しなければならないので、タクシー料金がかかります。（車を持っていないので）。ですので、他の方より手数料が少し高くなると思いますが、それで良ければ引き続きご連絡ください。代行料金は、交通費、梱包費等の実費プラス購入総額の10％を提案しますが、そちら様に案があればご提示下さい。
ご回答を持って実際お手伝いできるか検討いたします。